Vamos A Comenzar En Breve, A Las 1 CST / 2 EST

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4/26/2016Vamos a comenzar en breve, a las 1 CST / 2 ESTEl Sexto Webinar en Español auspiciado por el ACS y la SQMhttp://bit.ly/IndustriaFarma1¿Tiene alguna pregunta?“¿Por qué he sido “silenciado”?No se preocupe. Todo el mundo hasido silenciado, excepto lospresentadores y la moderadora.Gracias, y disfruten de lapresentación.Escriba y someta sus preguntas durante la presentación21

4/26/2016¿Está en un grupo grande hoy?Díganos de dónde son ustedes ycuántas personas están en su grupo!3La Diversidad de la AudienciaHoy tenemos representantes de 17 países42

4/26/2016¡C&EN en Español!C&EN pone a su disposición traducciones al español de sus artículos más populares.Gracias a una colaboración con laorganización española Divúlgame.org,C&EN ahora es capaz de ofrecertraducciones al español de algunos denuestros mejores contenidos.Queremos hacer de la ciencia devanguardia más accesible a lacomunidad química de habla española,y esta es nuestra contribución. Le da alos nacidos en España, América Latina,o los EE.UU., pero cuyo primer idiomaes el español la oportunidad de leereste contenido en su lengua materna.Esperamos que les guste y sea de suutilidad.Dr. Bibiana Campos SeijoEditor-in-Chief of C&ENhttp://bit.ly/CENespanol5¿Has descubierto el elemento que falta ?www.acs.org/2joinACSEntérate de los beneficios de sermiembro(a) de el ACS !63

4/26/2016Beneficios de la afiliación al ACSChemical & Engineering News (C&EN)The preeminent weekly news source.NEW! Free Access to ACS Presentations on Demand ACS Member only access to over 1,000 presentationrecordings from recent ACS meetings and select events.NEW! ACS Career NavigatorYour source for leadership development, professionaleducation, career services, and much more.www.acs.org/2joinACS7Sociedad Química de MéxicoDesde sus comienzos de laSociedad Química deMéxico, se buscaba unemblema sencillo, nodemostrar partidarismoalguno y significar al gremio,debería representar unsímbolo no sólo para losquímicos, sino también paraingenieros, farmacéuticos,metalurgistas, en fin queenglobe e identifique porigual a los científicos entodas sus áreas de lasciencia química.www.sqm.org.mx84

4/26/2016Sugieran temas y expertos que les interesarían paralos próximo webinars. acswebinars@acs.org“Aciertos, Errores y Secretos en el Diseño de Fármacos”27 de Julio, 2016 12 CDT / 1pm EDTDr. Gabriel �Diseño de Fármacos por Computadora:Mitos, Realidades y Algo Más”Dr. José Luis Medina FrancoProfesor de Carrera,la Facultad de Química, UNAMInvestigador-Colaborador, Clínica MayoLena Ruiz AzuaraEx-Presidente,Sociedad Química de MéxicoProfesora, la Facultad de Química, UNAMLas imágenes de la presentación están disponibles para descargar ahorahttp://bit.ly/FarmacosEspanolEl Webinar de hoy esta auspiciado por la Sociedad Química de México y the American Chemical Society105

4/26/2016Diseño de Fármacos por Computadora:Mitos, Realidades y Algo Más .El descubrimiento de fármacos es un proceso complejo y costoso en elcual convergen diversas áreas del conocimiento. En años recientesmétodos computacionales se han integrado a este esfuerzomultidisciplinario. En un proyecto determinado, la aplicación deestrategias de cómputo depende de la información disponible del sistemay de los objetivos específicos del estudio. A la fecha, los métodoscomputacionales han contribuido, entre otras aplicaciones, al análisiseficiente de datos, el filtrado colecciones de compuestos para seleccionarmoléculas para evaluación experimental, la generación de hipótesis paraayudar a entender el mecanismo de acción de fármacos y el diseño denuevas estructuras químicas. Además, los métodos de cómputo hantenido aportaciones significativas para desarrollar medicamentos que seencuentran en uso clínico. Sin embargo, quedan muchos retos queafrontar, mismos que estimulan la innovación y mejoramiento de métodosque se integren al esfuerzo multidisciplinario del desarrollo de fármacos.SemblanzaJosé Luis MedinaPosición actual: Profesor de Carrera Titular Departamento de Farmacia Laborartorio de Diseño de Fármacos Asistido porComputadora en la Facultad de Química (DIFACQUIM) Universidad Nacional Autónoma de México Correo electrónico: medinajl@unam.mx Página del grupo de investigación (en español):http://www.difacquim.com/6

4/26/2016José Luis MedinaÁreas de investigación: Diseño de Fármacos Asistido por Computadora. Modelado molecular de compuestos con actividad biológica. Identificación de compuestos bioactivos con cribado virtual(virtual screening). Desarrollo y aplicación de nuevos métodos para cuantificarrelaciones estructura actividad (QSAR; activity landscapemodeling). Quimiogenómica computacional incluyendo reposicionamientode fármacos y búsqueda sistemática de blancos terapéuticos. Análisis quimioinformático de bases de datos moleculares.José Luis MedinaEducación y capacitación: 1993-1997 Licenciatura en Química, Facultad de Química, UNAM 1998-2000 Investigador Asociado, Procter & Gamble, Mexico 2000-2002 Maestría en Ciencias, UNAM 2002-2005 Doctorado en Ciencias, UNAM 2005-2007 Estancia Posdoctoral, University of Arizona 2007-2012 Investigador Titular, Torrey Pines Institute forMolecular Studies, Florida 2013-2014 Resarch Scientist, Departamento deInvestigación, Mayo Clinic, ArizonaLinkedIn: 33157

4/26/2016José Luis MedinaReconocimientos y premios: Investigador Nacional del Sistema reconocido por el ConsejoNacional de Ciencia y Tecnología de México (CONACYT-MEX),Nivel II. Autor de los 10 más citados en la UNAM en 2014, área deQuímica. Medalla Alfonso Caso. Estudios de Doctorado en Ciencias yMaestría en Ciencias; Medalla Gabino Barreda, Licenciatura,UNAM. Acciones de Reconocimiento. Procter & Gamble, Global HomeCare, Bélgica, 1999.José Luis MedinaPublicaciones: 128 artículos en revistas indizadas (índice h 28)20 capítulos en librosMás de 1500 citas a publicaciones1 patente internacionalCo-editor del libro Foodinformatics, 2014 (Springer)Editor y autor de capítulos en el libro Epi-Informatics, ón-y-publicaciones/8

4/26/2016José Luis MedinaOtros: Colaborador de Investigación, Mayo Clinic, Scottsdale,Arizona. Editor Asociado de RSC Advances (Royal Society ofChemistry). Miembro del Comité Editorial de Journal of the MexicanChemical Society y Molecular Diversity (Spinger). Árbitro de 30 revistas especializadas nacionales einternacionales. Miembro de la ACS, SQM y diversas organizacionescientíficas y profesionales.DISEÑO DE FÁRMACOS POR COMPUTADORAMitos, Realidades y Algo Más .Dr. José Luis Medina FrancoDIFACQUIMDepartamento de FarmaciaFacultad de Química, UNAMmedinajl@unam.mxSQM – ACS Webinar27 de Abril, 20169

4/26/2016Contenido Diseño y desarrollo de fármacos– Integración de técnicas computacionales– Lo que NO hacen las computadoras Métodos computacionales comunesMitosRealidades– Ejemplos de aplicaciones Ejemplos de casos exitosos Resumen: Para llevar a casa PerspectivasAlgo más 19Encuesta Para La AudienciaRESPONDER A LA PREGUNTA HACIENDOCLICK EN BREVE EN LA PANTALLA AZULEn promedio, ¿en cuántos años se desarrolla un fármaco? 1-5 5-10 10-15 Más de 152010

4/26/2016Etapas en el desarrollo de fármacosCosto y tiempo uestolíderOptimización 15 años 300 millones USD 500 millones USDAprobaciónPruebasclínicasEnsayos enanimalesEnsayoscelulares21Probabilidad de éxito en estudios clínicos9000 compuestosPrimeros ensayos clínicosPruebas farmacológicasEnsayos toxicológicosPruebas farmacológicasdetalladasPruebas toxicológicas einvestigación clínica2500501 aprobado para uso en pacientesAndrejus Korolkovas. Essentials of Medicinal Chemistry. John Wiley & Sons.19882211

4/26/2016Modelo de la “llave y cerradura”Diseño enfocado a una diana molecular“La especificidad de una enzima (la cerradura) por susubstrato (la llave) proviene de la complementaridadgeométrica de las formas”Emil Fischer(1852-1919)Biología molecular,estructura de proteinasDiseño de fármacos enfocado a unadiana molecularE. Fischer, Ber Dtsch Chem Ges (1894) 27:298523Polifarmacologíalos fármacos no son selectivosDabrafenibTrametinibMullard A.Nature Rev Drug Discovery (2014) 13:85Ambos anticancerigenos inhiben avarias protein cinasasPolifarmacología: el efecto clínico de diversos fármacos se debe ala interacción con mútiples dianas terapéuticas2412

4/26/2016Cambio en estrategia de diseño de fármacosDirigido a una diana terapéuticaDirigido a múltiples o de‘llavesmaestras’Medina-Franco JL et al. Drug Discovery Today (2013) 18:49525Estrategias para identificar compuestos olíderOptimización Optimización de fármacos existentes Ensayo biológico sistemático Uso de la información biológica disponible Diseño y descubrimiento asistido por computadoraWermuth CG. The Practice of Medicinal Chemistry. Wermuth CG Ed. Academic Press, 20032613

4/26/2016Diseño de Fármacos Asistido por ComputadoraDiFAC es un conjunto de técnicas nde datosJorgensen WL. The many roles of computation in drug discovery. Science (2004) 303:181327Diseño de Fármacos Asistido por Computadora(DIFAC): ObjetivosIdentificar nuevos compuestosDescubrir o diseñar nuevas estructurascon efecto biológico en una categoríaterapéutica deseadaSeleccionar candidatosEvaluar la identidad del “líder ganador”(o eliminar rápidamente a “líderesperdedores”)Optimizar líderesOptimizar al compuesto líder paramejorar las propiedades deseadas ydisminuir los efectos adversos2814

4/26/2016Los mitos!Lo que no es DiFAC Las computadoras NO son fábricas de fármacos Los modelos computacionales NO hacen predicciones exactas de laactividad in vivo Un método cuantitativo no es necesariamente predictivo Los cálculos NO demuestran la actividad biológica El docking NO demuestra que la molécula se une al receptor¿Algún medicamento se ha diseñado directamente porcomputadoras?29La realidadDiseño asistido por computadoraCombinación con otros métodosCómputoProductos TS3015

4/26/2016Encuesta Para La AudienciaRESPONDER A LA PREGUNTA HACIENDOCLICK EN BREVE EN LA PANTALLA AZUL¿Qué método computacional se emplea en diseño defármacos? Acoplamiento molecular automatizado Cribado virtual Cálculos ab initio Todos los anteriores31Métodos computacionales comunes Acoplamiento molecular automatizado (docking)– Moléculas pequeñas, proteína-proteína Modelado del farmacóforo Cribado virtual (virtual screening) Reposicionamiento de fármacos asistido por computadora– Similitud molecular Quimioinformática Dinámica molecular Relaciones estructura-actividad– QSAR, modelos de ‘panoramas de actividad’, etc. La elección del método depende del problemaTamaño y complejidad del sistemaPrecisión3216

4/26/2016Acomplamiento molecular automatizadoDocking Predecir el modo de unión de unamolécula con una diana molecular Objetivos:– Relaciones estructura-actividad– Optimización– Evaluación computacional decompuestos Rápido y de bajo costo Programas:– AutoDock, Dock,– Gold, Glide 65 herramientas33Modelo computacional de fármaco aprobadoDNA metiltransferasa (DNMT)VIDAZA es el primer fármaco aprobado por laFDA para el tratamiento desíndromes mielodisplásicos(MDS)VIDAZA (Azacitydina)Modelo de unión con DNMTYoo J, Kim JH, Robertson KD, Medina-Franco JL. Adv Protein Chem Struct Biol (2012) 87:2193417

4/26/2016Modelo de ingrediente activo de té verdeDNA metiltransferasa (DNMT)EGCG inhibe a DNMT1EGCGModelo de unión conDNMTMedina-Franco JL, Méndez-Lucio O, Yoo J, Dueñas A. Drug Discovery Today (2015) 20:56935Modelo del farmacóforoModelos de unión de 14 inhibidores1. Mapeo de interacciones de docking en los átomos2. Generar sitios farmacofóricos3. Sumar las energías de los átomoscorrespondientes a los sitios faramacofóricos4. Ranking de los sitiosYoo J, Medina-Franco JL. Journal of Computer-Aided Molecular Design (2011) 25:5553618

4/26/2016Aplicación del modelo del farmacóforoEl ácido trimetil aurintricarboxílico esinhibidor de DNMT1Compound IC50 for DNMT1120TPI-17% Activity1008060IC50 4.79 uM40200-9-8-7-6-5-4-3Log [Compound] (M)HILLSLOPEEC50TPI-17-3.9384.792e-006Yoo J, Medina-Franco JL. Journal of Molecular Modeling (2011) 18:158337Cribado virtual o ensayos in-silicoVirtual screening Encontrar compuestos activos Reducir el número de ensayos biológicos Disminuir costos y tiempos Incrementar la probabilidad deencontrar moléculas activas3819

4/26/2016Cribado virtual de bibliotecas molecularesAplicación de docking: inhibidores de DNMT7 compuestos activos Más activos que la referencia RG108Kuck D, Singh N, Lyko F, Medina-Franco JL. Bioorganic and Medicinal Chemistry (2010) 18:82239Evaluación enzimática de hits seleccionadosDNMT1DNMT3BInhibe dos DNMTsNSC 14778Selectiva, DNMT1NSC 106084Selectiva, DNMT3BNSC 267461NSC 348926SAHNanomycin ANSC 267461Inhibe dos DNMTsKuck D, Singh N, Lyko F, Medina-Franco JL. Bioorganic and Medicinal Chemistry (2010) 18:8224020

4/26/2016Actividad de nanaomycina AInhibidor selectivo de DNMT3BHipótesis del modelo:inhibidor suicidaRelative genomic cytosine methylation levelsEn tres líneas celulares, nanaomycina Areduce niveles de metilación41Kuck D, Caulfield T, Lyko F, Medina-Franco JL. Molecular Cancer Therapy (2010) 9:3015Nanaomycina A: del laboratorio al mercado4221

4/26/2016Reposicionamiento de fármacos asistido purposingIntegrated, multi-disciplinarycollaborative effort “Team science”43Cribado virtual de fármacos aprobadosAplicación de similitud molecularHipótesis: Moléculas similares tienen propiedades similaresCribado virtual porsimilitud molecularNSC 14778inhibidor de DNMT 1400 fármacosaprobadosOlsalazina (anti-inflamatorio): Nuevo agentehipometilante Hacia el reposicionamiento comoanticancerígeno Mendez-Lucio O, Tran J, Medina-Franco JL, Meurice N, Muller M ChemMedChem (2014) 9:5604422

4/26/2016Encuesta Para La AudienciaRESPONDER A LA PREGUNTA HACIENDOCLICK EN BREVE EN LA PANTALLA AZUL¿Qué fármaco se ha diseñado ÚNICAMENTE porcomputadoras? Viagra Crixivan Relenza Ninguno45RELENZA (zanamavir)Antiviral (Influenza)GlaxoSmithKline (1999)4623

4/26/2016TRUSOPT (dorzolamida)GlaucomaMerck (1995)Diseño basado en estructuraCálculos ab initioAnhidrasa carbónicaGreer J. et al. Journal of Medicinal Chemistry (1989) 32:251047CRIXIVAN (indinavir)Antiviral (SIDA)Merck (1996)Diseño basado en estructuraCristalografía de rayos XProteasa de HIVHolloway, M. K. et al. Journal of Medicinal Chemistry (1995) 38:3054824

4/26/2016PARA LLEVAR A CASA .Cómputo en descubrimento de fármacos Parte de un esfuerzo multidisciplinario La elección del método(s) depende de:– Información (experimental) disponible– Objetivos del proyecto Contribuciones clave:– Filtrado (rápido) y selección de compuestos– Análisis eficiente de (miles/millones) de datos– Generar hipótesis para entender actividad a nivel molecular Refinamiento constante de métodos existentes Desarrollo de nuevos métodos49PERSPECTIVAS: RETOS QUE AFRONTAR Incrementar la eficiencia de cribado virtual Quimiogenómica computacional– Entender y predecir polifarmacología– Diseño dirigido a múltiples dianas; diseño de ‘llaves maestras’ Aumentar número y calidad de recursos en línea Incrementar eficiencia de fases clínicas– Predecir toxicidad, metabolismo Vinculación con otro grupos y áreas de la química5025

4/26/2016Ejemplos devinculaciónAlimentos Minería de datos Compuestosbioactivos ClasificaciónFarmacia Propiedades ADME SAR/SPR BioprocesosProductos Naturales Base de datos Espacio químico Cribado virtualQuímica Inorgánica Diversidad,estructural Espacio químicoBioquímica Moléculas sonda(probes) SARQuímica Orgánica Diversidad,estructural Espacio químicoFísica y QuímicaTeóricaDesarrollo y aplicaciónde nuevos algoritmos51Lecturas complementariasCiencia (Mexico) 20075226

4/26/2016Lecturas complementariasIntegración de informática con 20162014 epigenética química de alimentos53¡GRACIAS!José L. Medina Francomedinajl@unam.mxGrupo ActualDr. Oscar Méndez LucioPostdoctoradoDiseño de Fármacos Asistido porComputadora en la Facultad de QuímicaDIFACQUIMwww.difacquim.comGracias a la DGAPA (UNAM) por el apoyo alPROGRAMA DE APOYO A PROYECTOS PARA LAINNOVACIÓN Y MEJORAMIENTO DE LA ENSEÑANZA(PAPIME), proyecto PE200116Eli Fernández de GortariEstudiante de DoctoradoFernando Prieto MartínezEstudiante de MaestríaAndrea Peña CastilloMariana González MedinaJesús Naveja RomeroHugo Vite CaritinoEstudiantes de licenciaturaFernanda SaldívarServicio Social5427

4/26/2016Sugieran temas y expertos que les interesarían paralos próximo webinars. acswebinars@acs.org“Aciertos, Errores y Secretos en el Diseño de Fármacos”27 de Julio, 2016 12 CDT / 1pm EDTDr. Gabriel �C&EN en Español!C&EN pone a su disposición traducciones al español de sus artículos más populares.Gracias a una colaboración con laorganización española Divúlgame.org,C&EN ahora es capaz de ofrecertraducciones al español de algunos denuestros mejores contenidos.Queremos hacer de la ciencia devanguardia más accesible a lacomunidad química de habla española,y esta es nuestra contribución. Le da alos nacidos en España, América Latina,o los EE.UU., pero cuyo primer idiomaes el español la oportunidad de leereste contenido en su lengua materna.Esperamos que les guste y sea de suutilidad.Dr. Bibiana Campos SeijoEditor-in-Chief of C&ENhttp://bit.ly/CENespanol5628

4/26/2016“Diseño de Fármacos por Computadora:Mitos, Realidades y Algo Más”Dr. José Luis Medina FrancoProfesor de Carrera,la Facultad de Química, UNAMInvestigador-Colaborador, Clínica MayoLena Ruiz AzuaraEx-Presidente,Sociedad Química de MéxicoProfesora, la Facultad de Química, UNAMLas imágenes de la presentación están disponibles para descargar ahorahttp://bit.ly/FarmacosEspanolEl Webinar de hoy esta auspiciado por la Sociedad Química de México y the American Chemical Society57La Diversidad de la AudienciaHoy tenemos representantes de 17 países5829

4/26/2016Sociedad Química de MéxicoDesde sus comienzos de laSociedad Química deMéxico, se buscaba unemblema sencillo, nodemostrar partidarismoalguno y significar al gremio,debería representar unsímbolo no sólo para losquímicos, sino también paraingenieros, farmacéuticos,metalurgistas, en fin queenglobe e identifique porigual a los científicos entodas sus áreas de lasciencia química.www.sqm.org.mx59La Oficina de Actividades Internacionaleswww.acs.org/ic6030

4/26/2016Sugieran temas y expertos que les interesarían paralos próximo webinars. acswebinars@acs.org“Aciertos, Errores y Secretos en el Diseño de Fármacos”27 de Julio, 2016 12 CDT / 1pm EDTDr. Gabriel 1

Vamos a comenzar en breve, a las 1 CST / 2 EST El Sexto Webinar en Español auspiciado por el ACS y la SQM . CLICK EN BREVE EN LA PANTALLA AZUL 20 . 4/26/2016 11 Investigación primaria Diana molecular Compues

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